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Eigene Python-Programme

XtremA

Mein Kommandozeilen-Programm zur Auslesung lokaler Extremstellen aus csv-Datensätzen stelle ich hier als Python-Code und als Binary Datei (Passend für Linux Mint 19 Tara) zur Verfügung. Für jede Version ist auch eine Anleitung vorhanden. Die Anleitung enthält sowohl Angaben über die Installation unter Linux, als auch zur Nutzung des Programms.

Version Python-Code Binary Anleitung Alle drei als .zip
1.0 xtrema.py xtrema manual-xtrema.pdf xtrema.zip
1.0.1 xtrema.py (11,4 kB) xtrema (5,7 MB) man.zip (343,5 kB) xtrema_full-dist.zip (6,0 MB)
1.0.2 xtrema.py (11,4 kB) xtrema (5,7 MB) man.zip (399,6 kB) xtrema_full-dist.zip (6,1 MB)
pwselect

"pwselect" ist ein Python Web Scraper für die Seite stromvergleich.de. Es ist ein Kommandozeilen-Programm. Analysiert werden Stromanbieter-Tarife, welche in Abhängigkeit des eigenen Jahresverbrauchs und der Postleitzahl verglichen und nach dem somit individuell bestimmten Monatspreis sortiert werden. Die Ausgabedatei wird im csv-Format geschrieben und lässt sich dadurch auch in libreOffice gut einlesen. Wie üblich ruft die Eingabe von 

pwselect -h

die Hilfe des Programms auf. "pwselect" wird unter der Gnu Public License v3.0 verteilt.

Version Python-Version Python-Code Release-Datum
1.0 3.8 pwselect (8,3 kB) 2022-02-01 –
1.1 3.8 pwselect (8,4 kB) 2022-03-01 changelog
nmrtabelle

Jetzt auch für Windows!

"nmrtabelle" ist die Python-Implementation meines gleichnahmigen Bash-Skripts. Es ist ein Kommandozeilen-Programm, das es ermöglicht, die Metadaten von gemessenen NMR-Spektren automatisiert auszulesen und diese in einer Tabelle zusammenzufassen. Die ausgegebene Tabellendatei wird im csv-Format geschrieben und kann mit einem beliebigen Texteditor oder in Excel / LibreOffice Calc geöffnet werden. Es wird unter der Gnu Public License v2.0 verteilt.

Version Python-Version Release-Datum Download
1.0 3.10.12 2023-10-17 nmrtabelle.zip (510,7 kB)

Eigene Bash-Skripte

rip

"rip" ist ein bash-Script und ein Wrapper um dd (Teil der GNU coreutils) bzw. ddrescue. Es ist ein Kommandozeilen-Programm. Es erzeugt totale Backups von DVDs im .iso-Format. CDs können nicht verarbeitet werden. Wenn man es ohne Argumente aufruft wird eine kurzer Hilfe-Text angezeigt. Ansonsten nimmt es genau zwei Argumente entgegen; Das erste ist der Gerätename des DVD-Laufwerks und das zweite der gewünschte Dateiname für die .iso-Datei. Ich verteile "rip" unter der Gnu Public License v2.0.

Version Betriebssystem Download Release-Datum
1.1 Linux Mint 20.3 1.1.zip (170 kB) 2022-07-16
FileSearch

Mit meinem bash-Script "FileSearch" kann man nach Textdateien suchen, die eine Reihe bestimmter Wörter enthalten. Es werden dabei nur solche Dateien angezeigt, bei denen jedes der Suchwörter mindestens einmal vorkommt (logisch UND, nicht logisch ODER). Auch ein Verzeichnis, in dem nach den Dateien gesucht werden soll, muss angegeben werden.

Das Script muss wie üblich in einem Verzeichnis abgelegt werden, das in der PATH-Variable aufgeführt ist, und ausführbar gemacht werden. Gibt man dann "FileSearch" ohne Argumente im Terminal ein, wird ein kurzer Hilfe-Text angezeigt. Ich verteile "FileSearch" unter der Gnu Public License v2.0.

Version Betriebssystem Download Release-Datum
alpha Linux Mint 20.3 FileSearch (1,7 kB) 2022-08-07
nmrtabelle

"nmrtabelle" ist ein bash-Script das in einem Verzeichnis stehend ausgeführt wird, in welchem mehrere nach der Experimentnummer benannten NMR-Messordner liegen. Das Script erstellt dann eine .csv-Datei, in der eine Statistik über die gemessenen Spektren gefunden wird. Ich verteile "nmrtabelle" unter der Gnu Public License v2.0.

Version Betriebssystem Download Release-Datum
beta Linux Mint 21.1 nmrtabelle (2,0 kB) 2023-05-29

Empfehlungen

GlycanBuilder2

logo konnte nicht geladen werden. Der GlycanBuilder2 ist ein SNFG-Editor (Symbol Nomenclature for Glycans) und wurde im japanischen Arbeitskreis um Kiyoko F. Aoki-Kinoshita entwickelt (Originalveröffentlichung: DOI: 10.1016/j.carres.2017.04.015). Der Quelltext ist über Github verfügbar.

Installation unter Linux Mint 21.2

Abhängigkeiten:

  • Java (z. B. Ubuntu Paket java-common)
  • maven (ebenfalls ein Ubuntu Paket aus den offiziellen Quellen)
Nachdem die Abhängigkeiten gelöst sind und das git repository heruntergeladen wurde folgt man den Angaben zur Installation auf Github. Nach Navigation in den Download Ordner sind dies die folgenden Befehle: 
mvn clean compile
mvn clean -P make-fat-jar package
Damit wurde im Unterordner target/ eine ausführbare .jar-Datei erzeugt. Optional ist das Anlegen eines Start-Eintrags im Mint-Menü. Dazu Rechtsklick auf das Mint-Menü -> "Einrichten" -> Reiter "Menü" wählen -> "Die Menübearbeitung öffnen". Im Pop-Up unter einer beliebigen Kategorie, z. B. "Bildung" auf "Neuer Eintrag" klicken. Dort einen Namen vergeben und als "Befehl" 
java -jar
eintragen und danach ein Leerzeichen und dann den absoluten Pfad zu der .jar-Datei eingeben. Mit "OK" bestätigen und schon kann man das Programm auch aus dem Mint-Menü starten.

Per Default zeigt GlycanBuilder2 immer ein m/z-Verhältnis an, wobei von einem Monomer mit Methylgruppen an allen Hydroxygruppen und einem Natrium-Addukt ausgegangen wird. Will man dies ändern, z. B. zum Quasimolekülion, kann man auf "Structure" -> "Mass options of selected structures" klicken. Im Pop-Up kann man "perMe" zu "Und" ändern (nicht permethyliert, sondern underivatisiert) "# H ions" auf "1" und "# Na ions" auf "0" stellen. Auch die Berechnung für den Negativ Modus lässt sich dort auswählen.

Installation unter LMDE 5

Unter Linux Mint Debian Edition 5 "Elsie" kann GlycanBuilder2 genau wie unter LM 21.2 installiert werden.